Заказник находится в Южно-Курильском районе, на живописных островах Малой Курильской гряды, и поражает своей тихой красотой как место зимовки, гнездования и обычной жизни множества мигрирующих водоплавающих и морских птиц.
Главная сухопутная часть «Малых Курил» включает остров Шикотан (он частично относится к заказнику), Анучину, Зелёный, Полонский, Рифовый, Сторожевой, Сигнальный, Танфильеву и Юриева, а также множество мелких островков и скал, которые формируют по-настоящему неповторимый облик этих мест.
Особенно завораживают морские млекопитающие: ларга (обыкновенный тюлень), курильский калан, сивуч, северный морской котик, а также разнообразные виды китов - серый дельфин, касатка и горбатый кит.
В водах заказника живёт целое множество рыб: от горбуши, кеты, сима и колюшки до речной камбалы, мальмы, корюшки-зубатки, сахалинского таймена, красноперки и мелкоробой корюшки малоротой; это настоящее подводное богатство, которое радует глаз.