Заказник расположен в Южно-Курильском районе, на островах Малой Курильской гряды. Это место зимовок, гнездования и вообще жизни многочисленных видов мигрирующих водоплавающих и морских птиц.
Основная сухопутная территория заказника «Малые Курилы» представлена островной частью Малой Курильской гряды. Это остров Шикотан (он входит в состав заказника «Малые Курилы» частично), остров Анучина, Зелёный, Полонский, Рифовый, Сторожевой, Сигнальный, Танфильева, Юрий, а также множество мелких островков и скал.
В числе самых интересных обитателей заказника - морские млекопитающие: ларга или обыкновенный тюлень, курильский калан, сивуч, северный морской котик и, конечно же, разные виды китов, к примеру, серый дельфин, касатка, горбатый кит.
Акватория заказника служит местом нагула и нереста многих рыб. Здесь водятся горбуша, кета, сима, колюшка, речная камбала, мальма, корюшка-зубатка, сахалинский таймень, красноперка, корюшка малоротая и много еще кто.