Пещеры расположены в Краснощековском районе, всего в 4 км ниже вдоль реки Чарыш от села Уть-Пустынка.
В известняке кораллового происхождения, относящемся к пудловскому слою верхнего силура, где обитают брахиоподы, находится загонная пещера. В ней три входа, протяжённость 38 м, высота достигает 2,2 м, а ширина – ровно 12 м.
Эта полость признана природным памятником геологического характера краевого значения и культурно-археологическим объектом.
Загонная пещера привлекает своей богатой фауной: кости носорога, лошади, оленя, ламы, тигра, медведя, зайца, пищухи, горностая и других животных делают её поистине захватывающей.
Археологи пришли к выводу, что такое обилие остатков связано с палеологической стоянкой. На входе обнаружены костровище и обломки факелов. На полу рядом с костями найдены каменные предметы – отщепы, нуклевидные фрагменты, свалы, а также концевой скребок и пластинчатый осколок, предположительно наконечник дротика. Дата стоянки располагается между эпохами палеолита и раннего железа. Пещера упоминается в литературе с 1786 года, когда русский естествоиспытатель академик Паллас посетил Алтай. Основательные исследования проводили Кулибин и Геблер.
Доступ к загонной пещере труден для туристов, но она прекрасно подходит для научных археологических исследований.
Пещера «Летучих мышей» расположена несколько выше и простирается на 90 м. В её недрах обитает колония остроухой ночницы, родом из Индии и Египта, вид, занесённый в Красную книгу России. Это единственный северный ареал этого вида в стране; летучие мыши обычно выбирают более тёплые климатические зоны, но зимой мигрируют в Нубинскую пещеру. Колонию открыли в 1951 году известный краевед и геолог Розен, по его словам численность руко-крылых достигала десятков тысяч. С тех пор пещера носит имя «Пещеры летучих мышей».
Полость известна своими отложениями, в которых сохранились останки млекопитающих плейстоцена, а также следы первобытных людей эпохи палеолита.
Пещера летучих мышей признана природным памятником федерального значения.